Cellules présentant des avancées cytoplasmiques dites pseudopodes qui leur permettent de se déplacer quand ils sont à l'état trophozoïtes.

Peuvent être libres, saprophytes ou parasites

Genres Entamoeba, Dientamoeba, Endolimax, Pseudolimax, Iodamoeba
L'espèce pathogène est Entamoeba histolytica histolytica

Se déplacent à l'aide d'un ou plusieurs flagelles

Les flagellés pathogènes sont:
Flagellés sanguicoles

Ordre Kinetoplastida

Genre Trypanosoma et genre Leishmania

Flagellés intestinaux

Ordre Diplomonadida
Giardia intestinalis

Flagellés génito-urinaires

Ordre Trichomonadida

Trichomonas vaginalis

Remarque: 

Flagellés parasites du gros intestin dont le rôle pathogène est discuté :
Chilomastix mesnili, Embadomonas intestinalis (Retortamonas intestinalis), et Enteromonas hominis sont considérés comme des saprophytes du côlon.

Sont peu mobiles car ils ne possèdent pas d'appareil locomoteur, leur déplacement se fait par flexion, glissement ou ondulation.

Vivent à l'intérieur des cellules de l'hôte.

Sous classe Coccidia

Ordre Eucoccidiida

Sous ordre Eimeriorina

Famille Eimeriidae
Isospora belli

Famille  Sarcocystiidae
Toxoplasma gondii

Sarcocystis sp

Famille  Cryptosporidiidae
  Cryptosporidium sp

Cyclospora cayetanensis
Pneumocystis carinii*

Sous ordre Haemosporina

Famille  Plamodiidae

Plasmodium sp

Sous ordre Piroplasmida

Famille  Babesiidae

Babesia microti

Babesia divergens

* La position taxonomique de Pneumocystis carinii est incertaine. Protozoaire sur des notions morphologiques, biologiques et thérapeutique mais sa coloration par l'imprégnation argentique et l'utilisation de sondes génétiques le font apparenter aux champignons.

Se déplacent grâce à des cils vibratiles

Un seul pathogène occasionnellement rencontré chez l'homme:

Balantidium coli

De micro = petit et sporos = graine.
Ordre des Microsporida
Encephalitozoon sp, Enterocytozoon sp.

Du grec platys = plat et helmins = vers.

Vers plats, non recouverts de chitine, pourvus de ventouses.

Ils peuvent être libres (Turbellariés) ou parasites (cas de 85% d'entre eux).

Cet embranchement comprend deux classes:

Vers rubanés dont le corps est composé:

- d'un scolex qui porte les organes de fixation (ventouses, crochets, bothridies), 

- d'un cou non segmenté qui est une zone de formation des anneaux 

- et d'un strobile qui est l'ensemble des segments ou proglottis qui contiennent les organes génitaux mâles et femelles. 

Ils sont hermaphrodites et dépourvus du tube digestif.

On distingue deux ordres:

Ordre des Cyclophyllidés

Famille des Taeniidae

Tænia saginata, Tænia solium, Echinococcus granulosus, Echinococcus multilocularis.

Famille des Hymenolepididae

Hymenolepsis nana, Hymenolepsis diminuta.

Famille des Dilepididae

Dipylidium caninum.

Ordre des Pseudophyllidés

Famille des Diphyllobothriidae

Diphyllobothrium latum, Spirometra sp.

Vers foliacés, non segmentés et pourvus d'un tube digestif.

L'œuf est operculé chez les douves et muni d'un éperon chez les schistosomes.

- Ils sont soit hermaphrodites telles les douves agents des:

Distomatoses intestinales dues à
Fasciolopsis buski, Heterophyes heterophyes, Capillaria philippinensis.

Distomatoses hépato-biliaires dues à

Fasciola hepatica, Fasciola gigantica, Dicrocoelium dentriticum, Clonorchis sinensis, Opistorchis felineus.

Distomatoses pulmonaires dues à 

Paragonimus sp.

- soit à sexe séparés telles les schistosomes agents des bilharzioses:

Schistosoma mansoni agent de la bilharziose intestinale
Schistosoma haematobium agent de la bilharziose vésicale
Schistosoma intercalatum agent de la bilharziose rectale
Schistosoma japonicum agent de la bilharziose artério-veineuse

Vers cylindriques, non segmentés, recouverts de chitine.

Ils sont tous à sexes séparés. 

Le tube digestif est complet.

Ils sont classés selon l'absence ou le présence de phasmides.

Les aphasmidiens sont Trichinella spiralis, Trichuris trichiuria et Capillaria sp.

Les autres nématodes sont des phasmidiens.

Ils sont soit ovipares soit vivipares

Remarque

La classe des Gordiens regroupe des espèces libres.

Classe des Arachnides

Classe des Insectes